Effekten af mikrofiber-mopper i infektionskontrol er godt dokumenteret og gør dem til et afgørende værktøj i sundhedsfaglige omgivelser. Undersøgelser har vist, at anvendelse af mikrofiber-mopper kan fjerne op til 99 % af bakterier fra en overflade, når de bruges korrekt, i sammenligning med en væsentligt lavere procentdel ved almindelige mopper. Traditionelle mopper står ofte i snavset vand og bliver derved til opbevaringssteder for bakterier, som derefter spredes ud over gulvet ved hver efterfølgende strøgning. Mikrofibersystemer reducerer dette risiko ved at benytte flere puder samt en to-spandsmetode (én til rent vand, én til udvridning af snavset vand), eller endnu mere avancerede vognsystemer, der dispenserer rene puder og automatisk indsamler brugte. Dette sikrer, at en frisk og effektiv pud bruges til hvert værelse eller defineret område. Muligheden for at vaske mikrofiberpuder ved høje temperaturer yderligere sikrer elimineringen af fangete patogener. I en hospitalscasestudie blev implementeringen af et farvekodet mikrofiber-moppe-system til patientværelser, gangarealer og operationssale knyttet til en målbar reduktion af forekomsten af sygehusbetingede infektioner (HAI). Den fysiske fjernelse af biofilm, som er beskyttende lag, der rummer bakterier, opnås også mere effektivt med den slibende virkning fra mikrofiber, hvilket gør gulvene ikke blot visuelt rene, men også hygiejnisk rene.