Tärkeä, mutta usein huomiotta jätetty, osa tehokkaasta mikrokuitupyyhkijäohjelmasta on pesuprosessi. Väärä pesu voi nopeasti heikentää kuituja, tukkia niiden välissä olevat tilat jätteillä ja johtaa ristisaastumiseen. Parhaiden käytäntöjen mukaan mikrokuitupyyhepäät tulisi pestä erikseen muista tekstiileistä estämällä näin puuvillapyyheiden pillit tukkimasta mikrokuituja. Käyttämättä tulisi jättää voimakkaita pesuaineita, pehmentimiä tai valkaisuaineita, koska nämä kemikaalit voivat peittää kuidut, vähentäen niiden sähköstaattista varausta ja imukykyä. Sen sijaan suositellaan neutraalia pH-pesuainetta, joka on erityisesti suunniteltu mikrokuidulle. Veden lämpötilalla on myös ratkaiseva merkitys; lämmin pesu, jota seuraa perusteellinen huuhtelu, on ideaali. Korkea kuumentaminen voi vahingoittaa kuituja ja sulattaa sitomisaineen, joten ilmakuivatus on suositeltavaa, tai mahdollisuuksien mukaan matalassa lämmössä konekuivatus. Suurissa toimipisteissä tehdään usein yhteistyötä ammattilaisten tekstiilivuokrapalveluiden kanssa, jotka tarjoavat suljetun järjestelmän: ne toimittavat puhtaat, desinfioinnit päät ja keräävät käytetyt päät teolliseen pesuun hallituissa olosuhteissa. Tämä takaa johdonmukaisen suorituskyvyn, taataan hygienian ja yksinkertaistaa varastonhallintaa loppukäyttäjälle, mikä tekee koko pyyhkijäjärjestelmästä luotettavamman ja tehokkaamman.