Mikrokuitupyyhkimien tehokkuus infektionhallinnassa on hyvin dokumentoitu, ja se tekee niistä olennaisen työkalun terveydenhuoltojärjestelyissä. Tutkimukset ovat osoittaneet, että mikrokuitupyyhkimillä voidaan poistaa jopa 99 % bakteereista pinnalta, kun niitä käytetään oikein, kun taas perinteiset pyyhkimet saavat huomattavasti alhaisemman prosenttiosuuden. Perinteiset pyyhkimet jäävät usein likaiseen veteen, muodostaen bakteerien varastointialustan, jotka sitten levitetään lattialle jokaisella seuraavalla pyyhkäisyllä. Mikrokuitujärjestelmät lievittävät tätä riskiä käyttämällä useita padoja ja kahden ämpärin menetelmää (yksi puhtaalle vedelle, toinen likaisen veden painamiseen), tai vielä edistyneempiä vaunuja, jotka jakavat puhtaat padat ja keräävät automaattisesti käytetyt. Tämä takaa, että jokaista huonetta tai määriteltyä aluetta varten käytetään tuore ja tehokas pata. Mikrokuitupadien pesu korkeissa lämpötiloissa takaa lisäksi siepatut patogeenit tuhottavaksi. Sairaalassa tehdyn tapaustutkimuksen mukaan potilashuoneisiin, käytäviin ja leikkaussaleihin otetulla värikoodatulla mikrokuitupyyhkintäjärjestelmällä oli yhteys mitattavaan vähennykseen terveydenhuollon hankkimissa infektioissa (HAI). Myös biofilmin, joka on suojapeite bakteerien asuun, fyysinen poisto on tehokkaampaa mikrokuidun hankaavan vaikutuksen ansiosta, mikä tekee lattiasta ei ainoastaan visuaalisesti vaan myös hygieenisesti puhtaan.