Η αποτελεσματικότητα των σφουγγαριών μικροϊνών στον έλεγχο λοιμώξεων είναι καλά τεκμηριωμένη και τα καθιστά ένα κρίσιμο εργαλείο σε υγειονομικά περιβάλλοντα. Μελέτες έχουν δείξει ότι η χρήση σφουγγαριών μικροϊνών μπορεί να αφαιρέσει έως και 99% των βακτηρίων από μια επιφάνεια, όταν χρησιμοποιούνται σωστά, σε σύγκριση με ένα σημαντικά χαμηλότερο ποσοστό για τα συμβατικά σφουγγάρια. Τα παραδοσιακά σφουγγάρια συχνά βρίσκονται σε βρώμικο νερό, γίνοντας δεξαμενές βακτηρίων τα οποία στη συνέχεια διασπείρονται σε όλο το δάπεδο με κάθε επόμενη κίνηση. Τα συστήματα μικροϊνών μειώνουν αυτόν τον κίνδυνο μέσω της χρήσης πολλαπλών παδ και μιας μεθόδου δύο κάδων (ένας για καθαρό νερό, ένας για στύψιμο του βρώμικου νερού), ή ακόμη και πιο προηγμένων καροτσιών που διανέμουν καθαρά παδ και αυτόματα συλλέγουν τα χρησιμοποιημένα. Αυτό εξασφαλίζει ότι ένα φρέσκο και αποτελεσματικό παδ χρησιμοποιείται για κάθε δωμάτιο ή καθορισμένη περιοχή. Η δυνατότητα πλύσης των παδ μικροϊνών σε υψηλές θερμοκρασίες εξασφαλίζει περαιτέρω την εξάλειψη των παγιδευμένων παθογόνων. Σε μια μελέτη περίπτωσης σε νοσοκομείο, η εφαρμογή ενός συστήματος σφουγγαριών μικροϊνών με χρωματική κωδικοποίηση για δωμάτια ασθενών, διαδρόμους και χειρουργικές αίθουσες συσχετίστηκε με μετρήσιμη μείωση των ποσοστών λοιμώξεων σχετιζόμενων με την υγειονομική περίθαλψη (HAI). Η φυσική αφαίρεση βιοφιλμ, τα οποία είναι προστατευτικά στρώματα που φιλοξενούν βακτήρια, επιτυγχάνεται επίσης πιο αποτελεσματικά με την αποτριπτική δράση των μικροϊνών, κάνοντας τα δάπεδα όχι μόνο οπτικά καθαρά, αλλά και υγιεινά.