Účinnost mikrovláknových mopů při kontrole infekcí je dobře zdokumentována a činí je klíčovým nástrojem v zdravotnickém prostředí. Studie prokázaly, že použití mikrovláknových mopů může odstranit až 99 % bakterií z povrchu, pokud jsou správně použity, oproti výrazně nižšímu procentu u běžných mopů. Tradiční mopů se často nacházejí v špinavé vodě a stávají se tak rezervoáry bakterií, které jsou následně šířeny po podlaze při každém dalším tahy. Mikrovláknové systémy tento riziko eliminují pomocí více vložek a metody dvou kbelíků (jeden na čistou vodu, druhý na vykrucování špinavé vody), nebo ještě pokročilejších vozíků, které dávkují čisté vložky a automaticky sbírají použité. Tím je zajištěno, že pro každou místnost nebo definovanou oblast je použita čerstvá a účinná vložka. Možnost pražení mikrovláknových vložek za vysokých teplot dále zajišťuje eliminaci zachycených patogenů. Ve studii případu nemocnice bylo zavedení barevně kódovaného mikrovláknového mopovacího systému pro pacientské pokoje, chodby a operační sály spojeno s měřitelným snížením míry nemocničních infekcí (HAI). Fyzické odstranění biofilmů, což jsou ochranné vrstvy, které skrývají bakterie, je rovněž efektivněji dosaženo díky abrazivnímu působení mikrovlákna, čímž jsou podlahy čisté nejen vizuálně, ale i hygienicky.