היעילות של מיתחי מיקרו סיבים במניעת זיהומים תועדה היטב וmakes אותם לכלי קריטי בסביבות בריאות. מחקרים הראו שמיתחי מיקרו סיבים יכולים להסיר עד 99% מהבكتיריות מפני שטח כאשר נעשה בהם שימוש נכון, בהשוואה לאחוז נמוך בהרבה במיתחי שטיפה קונבנציונליים. מיתחי שטיפה מסורתיים נוטים להישאר במים מלוכלכים, והופכים למכלים לבקטיריות שמופצות לאחר מכן על רצפת החדר בכל דעיכה נוספת. מערכות מיקרו סיבים מצמצמות את הסיכון הזה באמצעות שימוש במספר פדים ושיטת sceפה של שני דליים (אחד עם מים נקיים, ואחד לרסק המים המלוכלכים), או עגלות מתקדמות אף יותר שפולטות פדים נקיים ואוספות אוטומטית את הישנים. זה מבטיח שהשימוש ייעשה תמיד בפד טרי ויעיל לכל חדר או אזור מוגדר. האפשרות לכבס את פדי המיקרו סיבים בטמפרטורות גבוהות מבטיחה עוד יותר את הסרת הנגיפים שנאספו. במסגרת מחקר מקרי בבית חולים, יישום מערכת מיתחי מיקרו סיבים עם צבעים שונים לחדרי חולים, מסדרונות וחדרי ניתוח התווה עם ירידה מודדת בשיעורי זיהומים הקשורים לטיפול רפואי (HAI). הסרה פיזית של שברי ביולוגי, שהם שכבות מגן המאכסנות בקטיריות, מושגת גם היא בצורה יעילה יותר עם פעולת החיכוך של מיקרו סיבים, מה שעושה את הרצפות לא רק נקיות למראה אלא גם נקיות מבחינה היגיינית.