Effekten av mikrofiber-moppe i infeksjonskontroll er godt dokumentert og gjør dem til et kritisk verktøy i helseinstitusjoner. Studier har vist at bruk av mikrofiber-moppe kan fjerne opptil 99 % av bakterier fra en overflate når de brukes riktig, sammenlignet med en mye lavere prosentandel for konvensjonelle moppe. Tradisjonelle moppe står ofte i skittent vann og blir dermed reservoarer for bakterier som deretter spres utover gulvet ved hver nye strek. Mikrofibersystemer reduserer dette risikoen ved å bruke flere padder og en to-bøttemetode (en for rent vann, en for utvringing av skittent vann), eller enda mer avanserte vogner som leverer rene padder og automatisk samler inn brukte. Dette sikrer at en ren og effektiv pad brukes for hvert rom eller definert område. Muligheten til å vaske mikrofiberpadder ved høye temperaturer sørger ytterligere for at fangete patogener elimineres. I en sykehusstudie viste implementeringen av et fargekodet mikrofiber-moppesystem for pasientrom, korridorer og operasjonsstuer en målbar reduksjon i forekomsten av helseassosierte infeksjoner (HAI). Den fysiske fjerningen av biofilmer, som er beskyttende lag som inneholder bakterier, oppnås også mer effektivt med den abrasive virkningen av mikrofiber, noe som gjør at gulvene ikke bare er visuelt rene, men også hygienisk rene.